Il principio di Hardy-Weinberg stabilisce che la frequenza degli alleli rimane stabile da una generazione all’altra. Il principio H-W vale solo in presenza di condizioni ben precise: che la riproduzione avvenga per via sessuata, che la popolazione sia molto numerosa, che gli incroci avvengano in modo del tutto casuale. Per un gene caratterizzato da due alleli A e a, data p la frequenza dell’allele dominante A e data q la frequenza dell’allele recessivo a, la somma delle loro frequenze (p+q)=1. In presenza di tali condizioni, la popolazione sarà composta da individui omozigoti dominanti AA con frequenza p2, da omozigoti recessivi aa con frequenza q2 e da individui eterozigoti Aa e aA con frequenza 2pq. Al momento della riproduzione quindi, seguendo l’equazione (p+q) 2 = 12 = 1, ogni individuo ha identica probabilità di trasmettere i propri alleli alla generazione successiva e nelle generazioni successive i due alleli hanno nuovamente le stesse frequenze rimanendo quindi stabili. Questo principio può essere considerato nella genetica delle popolazioni per studiare lo scostamento dall’equilibrio genetico teorico di una popolazione reale: frequenze di omozigoti ed eterozigoti diverse da quelle teoriche possono essere riconducibili ad azioni selettive che favoriscono o meno gli eterozigoti oppure a incroci riproduttivi non casuali e comunque denotare un processo evolutivo in atto.