L’ultima fase della respirazione è la fosforilazione ossidativa che utilizza ossigeno come accettore finale, quindi lavora in condizioni aerobiche. La fermentazione è un processo che lavora in condizioni anaerobiche, ossia in assenza di ossigeno e utilizza come accettore finale di elettroni un composto organico. L’acido piruvico prodotto dalla glicolisi può andare incontro a queste due vie e quindi essere degradato completamente ad acqua e anidride carbonica con una resa energetica di 38 molecole di ATP, oppure, andando incontro a fermentazione, può essere convertito in acido lattico o alcol etilico con una resa energetica di due molecole di ATP. È chiaro che il processo di fosforilazione ossidativa è il principale attore della produzione di energia in quanto da solo produce la maggior parte delle molecole di ATP.