Il Covid-19 e la scienza

[solaàl]

https://www.francescocosta.net/wp-conte ... .html_gzip

Al di là dell'articolo ben scritto e chiaro nel denunciare il problema, mi sorge una domanda: nel momento in cui scrivo, sono contati 156.363 casi, e 34.211 guariti; è da parecchio che a me i guariti sembrano una percentuale infima del totale dei casi, circa il 20%. Che è poco: il restante 80% è ancora malato? Se sì, è normale lo sia dopo tutto questo tempo? Inizialmente avevo pensato: è chiaro che si stia cercando di essere cauti a contare i guariti, e che quindi uno sia "malato fino a prova contraria", cioè fino a una coppia di test negativi. Questo per non falsare i dati delle percentuali di guarigione troppo in positivo.

Ora però, in quel link, leggo che a rigore i "guariti" non sono davvero "guariti" nel vero senso della parola, ma che a vario titolo sono malati (spesso anche contagiosi) che non vengono considerati tali. Esattamente il contrario della spiegazione che mi davo, quindi molto meno del 20% dei malati, ad oggi, è guarito. E lo trovo inspiegabile: quanto diavolo dura 'sto covid?

[Quinzio]

E' vero che alla domenica c'e' un calo nel numero dei tamponi...
... le frecce le ho messe io e sono le domeniche.


https://lab24.ilsole24ore.com/coronavirus/

Inoltre sempre riguardo al grafico sopra, non si capisce, se i tamponi vengono fatti solo ai sintomatici, che cosa rappresentano le circa 46.000 persone che non sono state conteggiate nei nuovi casi positivi.
Ovvero 46.000 erano sintomatiche, gli e' stato fatto il tampone, e sono risultate negative.
Quindi i sintomi che avevano a cosa sono dovuti ? Mistero...
Oppure hanno cambiato la policy dei tamponi ?

Ora però, in quel link, leggo che a rigore i "guariti" non sono davvero "guariti" nel vero senso della parola, ma che a vario titolo sono malati (spesso anche contagiosi) che non vengono considerati tali. Esattamente il contrario della spiegazione che mi davo, quindi molto meno del 20% dei malati, ad oggi, è guarito. E lo trovo inspiegabile: quanto diavolo dura 'sto covid?

Come tutti i numeri di questa epidemia, anche qui non c'e' chiarezza.
E' probabile che quando i pazienti guariscono vengono mandati al domicilio se ricoverati, senza aspettare che si "negativizzino", per liberare posti letto . E poi nessuno fa alcun tampone per verificare la negativita'.
Vi sono in giro diverse "storie" di persone con evidenti sintomi che hanno contattato i servizi sanitari e nessuno e' mai andato a fare il tampone.

[xXStephXx]

Capito ma l'$R_0$ del covid-19 è stato allora stimato tenendo già conto delle misure di contenimento che in tutto il mondo tranne la Cina erano in atto già di default.

Stimato da chi? A parte il fatto che ho letto alcuni articoli e non ho trovato due stime uguali, se ti riferisci a notizie diffuse dai media a me pare di non aver mai visto i media distinguere tra "tasso di riproduzione di base" e "tasso di riproduzione effettivo" o altro.
In realtà viene spontaneo dire che $R_0$ si abbassa grazie alle misure di controllo (contenimento, mitigazione, vaccinazione quando possibile) e lo fanno anche gli esperti, anche quelli veri (v. qui, pag. 37), perché alla fine ci si capisce, ma a rigore:

Non capisco allora perché stimare l'$R_0$ della Sars senza includere le misure di contenimento

A rigore $R_0$ è proprio questo: "The basic reproduction number, R0, is the average number of secondary infectious cases produced by an infectious case. R0 determines the potential for epidemic spread in a totally susceptible population in the absence of specific control measures" (qui, che cita proprio Roy Anderson, l'autore del primo link).

Non c'è solo l'assenza di misure, c'è anche la "popolazione totalmente suscettibile". Questo vuol dire che anche in assenza di misure il tasso di riproduzione cambia e presto non è più quello di base, non è più $R_0$: su 999 suscettibili e 1 infettivo puoi calcolare $R_0$, se gli infettivi aumentano e i suscettibili diminuiscono (caso limite: 1000 infettivi) non ha più senso calcolarlo. Puoi calcolare invece $R_e=R_0S_t$. Più seriamente: qui.

Il tasso di riproduzione effettivo come l'hai definito prima è una cosa diversa da quel che intendevo. Al momento oltretutto non è tanto diverso da $R_0$ dato che i suscettibili sono ancora una grandissima percentuale.
Ma nel misurare $R_0$ si tiene inevitabilmente conto delle misure messe in atto di default nella società. Non può essere solo una caratteristica intrinseca del virus. In Paesi diversi lo stesso virus non può avere lo stesso $R_0$.

[mgrau]

quanto diavolo dura 'sto covid?

Fino a che non si trova un vaccino.

Vorrei sperare che non sia l'unica possibilità. L'epidemia della spagnola è pur finita senza trovare un vaccino. Conterà pure qualcosa la tanto sbeffeggiata "immunità di gregge", o no?

[solaàl]

Fino a che non si trova un vaccino.
Nel frattempo puoi solo cercare di conviverci pagando il prezzo più basso possibile.

No, non si è capita la domanda: la domanda è "quanto tempo passa prima che un malato guarisca? Giorni? Settimane? Mesi?" Perché già mi sembra che il 20% dei guariti siano pochissime persone sul totale, se poi leggo che questa è una sovrastima mi chiedo: quanto dura la malattia in un individuo?

[xXStephXx]

Il tasso di riproduzione effettivo come l'hai definito prima è una cosa diversa da quel che intendevo.

Mi dispiace. Io mi sono limitato a riportare la sua definizione ufficiale.

Ma nel misurare $R_0$ si tiene inevitabilmente conto delle misure messe in atto di default nella società. Non può essere solo una caratteristica intrinseca del virus. In Paesi diversi lo stesso virus non può avere lo stesso $R_0$.

"Misure messe in atto di default" mi sembra solo un gioco di parole, tanto per metterci dentro la parola "misure".
Sono le caratteristiche demografiche e culturali che rendono l'$R_0$ diverso da luogo a luogo, non solo da paese a paese. Ad esempio, conta molto la densità di popolazione, che in Lombardia (422 ab. per km2) è molto più alta che in Veneto (267 ab. per km2).

PS: Preghiera. Visto che tra l'altro siamo in un forum di matematica, quando si parla di cose piuttosto tecniche come l'$R_0$, che scaturisce da un sistema di equazioni differenziali, sarebbe chiedere troppo un riferimento a fonti autorevoli invece che al proprio sentire?

EDIT: Qui un articolo di Emerging Deseases Journal, rivista dei CDC USA, che spiega la complessità di $R_0$. Nel paragrafo "Variations in $R_0$" l'effetto degli aspetti demografici (anche città/campagna), sociologici e stagionali che rendono un $R_0$ poco applicabile fuori del contesto in cui è stato calcolato. Si ricorda, ad esempio, che per il morbillo ne sono stati calcolati almeno 20 valori diversi, da 3.7 a 202.3.

Sta diventando solo una questione di terminologia (o meglio, di leggere cose che non sono state scritte e di puntualizzare cose che erano già puntuali). Io non ho mai usato termini tecnici con definizione diversa, semmai non ho proprio scritto ciò che tu credevi avessi scritto io.
Per il morbillo comunque trovo rigoroso solo il calcolo basato su quanta percentuale di popolazione non immune serve per far accendere focolai. O equivalentemente che percentuale di popolazione immune serve per l'immunità di gregge.

[@melia]

E' probabile che quando i pazienti guariscono vengono mandati al domicilio se ricoverati, senza aspettare che si "negativizzino", per liberare posti letto . E poi nessuno fa alcun tampone per verificare la negativita'.

Lo so, quello che sto per dire è solo un caso particolare, ma se la procedura è questa si può generalizzare almeno un po'.
Mio cugino, verso il 15 marzo, giorno più giorno meno, ha cominciato a sentire i sintomi del coronavirus. Ha contattato il medico, la guardia medica, il prontosoccorso. Gli hanno detto di restare in casa. Dopo qualche giorno, una notte, ha avuto una forte crisi respiratoria. Sono andati a prenderlo ed è rimasto in ospedale 4 giorni. Passato il peggio lo hanno rimandato a casa in isolamento domiciliare. Al momento gli hanno già fatto 3 tamponi a distanza di una settimana uno dall'altro, solo il primo era positivo. In settimana deve fare un altro tampone, che, solo se risulterà negativo anche questo, allora sarà conteggiato tra i guariti.
In pratica per essere calcolati tra i guariti devi essere negativo da almeno 3 settimane, perché potresti avere una ricaduta della malattia. Spero di aver chiarito almeno un po' il problema del basso numero di guarigioni: 15 giorni di incubazione della malattia, 15 giorni di malattia, 3 settimane per essere considerato guarito fanno più di un mese e mezzo, tenedo conto che a qualcuno la malattia dura anche più di 15 giorni.

[giuliofis]

Mio padre è stato una settimana malato, due settimane ricoverato (per fortuna senza gravi condizioni) e poi mandato a casa perché asintomatico, ma ancora positivo. Quindi è stato positivo per almeno tre settimane.

Ora stiamo aspettando che gli facciano il tampone, sperando sia negativo, così che possiamo cominciare a vedere uno spiraglio per uscire dall'isolamento totale che, vi assicuro, dopo tre settimane comincia a diventare pesante perché non si può nemmeno andare a comprare da mangiare, e non siamo nemmeno a metà...

[Quinzio]

Ma nel misurare $R_0$ si tiene inevitabilmente conto delle misure messe in atto di default nella società. Non può essere solo una caratteristica intrinseca del virus. In Paesi diversi lo stesso virus non può avere lo stesso $R_0$.

Mi viene da pensare che ogni tipo di malattia dovrebbe avere un suo $R_0$ intrinseco al virus, calcolato in una sorta di condizioni standard.
Le condizioni standard potrebbero essere quelle della capitale di un paese moderno, civilizzato, tipo la Germania, gli Stati Uniti, dove si puo' attingere a dati trasparenti e chiari.
Poi ogni misura di mitigazione (o contenimento) dovrebbe essere associata ad un coefficiente da applicare a $R_0$. Solo in questo modo i vari virus possono essere confrontati.
Penso, spero, che gli epidemiologi abbiano un armamentario di strumenti ben piu' efficace delle mie banali considerazioni da non esperto.

[Quinzio]

Lo so, quello che sto per dire è solo un caso particolare, ma se la procedura è questa si può generalizzare almeno un po'.
[...]

Mio padre è stato una settimana malato, due settimane ricoverato (per fortuna senza gravi condizioni) e poi mandato a casa perché asintomatico, ma ancora positivo.
[...]

I tamponi vengono fatti. Sicuramente non in modo ottimale e omogeneo, ma vengono fatti. Negli ultimi giorni circa 50 mila al giorno.
Tra l'altro sarebbe utile sapere quanti di questi tamponi vengono fatti a malati per verificare se si sono negativizzati, e quanti vengono fatti a persone che si presentano con i sintomi da covid per essere ricoverati e che mai hanno avuto a che fare con la sanita' per il covid.
Lo dico perche' poi vedo fare analisi e grafici dai piu' importanti giornali (come quello che ho riproposto qui in un post precedente), vedo addirittura chi si spinge a fare stime di $R_0$, e poi non si hanno le informazioni basilari.